Gli scontri etnici in Burundi e Ruanda, soprattutto negli anni novanta, contribuirono a isolare i due paesi dalla comunità internazionale e anche dagli stessi paesi confinanti, che tuttavia furono parte attiva nei tentativi di riconciliazione, a partire dagli accordi di Arusha del 1993, colloqui di pace fra hutu e tutsi tenutisi ad Arusha (Tanzania) nel 1993.
Nell’agosto del 2000 un accordo fra i gruppi politici del Burundi stabilì una serie di scadenze per la restaurazione della democrazia, nel 2003 venne firmato un cessate il fuoco fra il governo guidato da Buyoya e il gruppo di ribelli hutu più numeroso, il Conseil National pour la Défense de la Démocratie-Forces pour la défense de la démocratie (CNDD-FDD). Nello stesso anno il leader del FRODEBU, Domitien Ndayizeye prese il posto di Buyoya come presidente del paese. L’ala più estremista dei ribelli Hutu, il gruppo Forces Nationales de Libération (FNL), continuò a rifiutare qualunque forma di accordo.
La risoluzione ONU 1545 del maggio 2004, visto il proseguire dei combattimenti, stabilì la costituzione della missione United Nations Operation in Burundi (UNOB) con l’invio di forze di peace-keeping per supportare i processi di democratizzazione definiti negli accordi di Arusha. Nell’agosto del 2004, il FNL massacrò 152 tutsi congolesi al campo di rifugiati di Gatumba, nella parte occidentale del Burundi. Il governo emise dei mandati di arresto nei confronti dei leader del FNL Agathon Rwasa e Pasteur Habimana, dichiarando il gruppo un’organizzazione terrorista.
Del febbraio 2005 è l’approvazione della nuova Costituzione seguita da elezioni e nomina del nuovo presidente, il leader del partito CNDD-FDD Pierre Nkurunziza. Secondo quanto stabilito dagli accordi di pace la composizione delle istituzioni è equamente ripartita fra hutu e tutsi. Nkurunziza si è poi rivelato inadatto al ruolo, è stato coinvolto in molti scandali (poi insabbiati) ed ha avuto più di un atteggiamento dittatoriale.
Gruppi di ribelli del FNL sono tuttora attivi in alcune province ma nel giugno 2006 sono state avviate trattative di pace a Dar-es-Salaam che hanno portato ad un cessate il fuoco. Sono tuttora in corso trattative riguardanti l’integrazione dei ribelli nelle forze armate del paese. Alla fine del 2007 e all’inizio del 2008 gli scontri sono ripresi, salvo poi fermarsi definitivamente; attualmente è in corso l’ennesima trattativa che permetterebbe all’FNL di diventare un partito politico, dandogli così la possibilità di partecipare alle elezioni che si terranno nel 2010.
In Burundi il tasso di corruzione è molto alto e le istituzioni non fanno praticamente nulla per migliorare la situazione, oltre a questo bisogna tener presente l’alto tasso di povertà che imperversa nel paese e che esaspera la gente. Nel 2008 il parlamento del Burundi ha approvato l’abolizione della pena di morte per tutti i reati diventando così il terzo stato ad abolire la pena di morte nel 2008.
Dal 13 maggio 2015 è in atto un tentativo di colpo di stato nel paese. Il 21 luglio 2015, in seguito ad elezioni presidenziali, Pierre Nkurunziza è stato riconfermato per un terzo mandato in un clima di grave tensione sociale.
Il Burundi è un piccolo stato africano di 27.830 km² di superficie che confina con il Ruanda a nord, con la Repubblica Democratica del Congo a ovest, e con la Tanzania a sud ed a est.